In den vergangenen Jahren wurden folgende Einrichtungen erfolgreich nach DIN EN ISO 9001:2015 zertifiziert.

• Institut für Diagnostische und Interventionelle Radiologie
• Klinik und Poliklinik für Radiologie, Kinder- und Neuroradiologie
• Klinik und Poliklinik für Hals-Nasen-Ohrenheilkunde, Kopf- und Halschirurgie "Otto Körner“
• Klinik und Poliklinik für Mund-, Kiefer- und plastische Gesichtschirurgie
• Klinik und Poliklinik für Nuklearmedizin
• Onkologisches Zentrum mit
  • Kopf-Hals-Tumorzentrum (zusätzlich nach der Deutschen Krebsgesellschaft (DKG)),
  • Viszeralonkologisches Zentrum mit Darmkrebszentrum, Pankreaskarzinomzentrum und Leberkrebszentrum (zusätzlich nach der Deutschen Krebsgesellschaft (DKG)),
  • Uroonkologisches Zentrum mit Prostatakarzinomzentrum, Harnblasenkrebszentrum, Nierenkrebszentrum und Peniskarzinomzentrum (nur nach der Deutschen Krebsgesellschaft), 
  • Hautkrebszentrum (nur nach der Deutschen Krebsgesellschaft), 
  • Zentrum für Hämatologische Neoplasien (nur nach der Deutschen Krebsgesellschaft) und
  • Neuroonkologisches Zentrum (nur nach der Deutschen Krebsgesellschaft)
• Klinik und Poliklinik für Anästhesiologie, Intensivmedizin und Schmerztherapie
• Rudolf-Zenker-Institut für Experimentelle Chirurgie

Darüber hinaus sind folgende Institute nach DIN EN ISO 15189:2024 oder DIN EN ISO 17025:2018 akkrediert.

• Institut für Klinische Chemie und Laboratoriumsmedizin inkl. patientennahe Sofortdiagnostik (Point-of-Care-Testing - POCT) (nach DIN EN ISO 15189)
• Institut für Medizinische Mikrobiologie, Virologie und Hygiene (nach DIN EN ISO 15189, DIN EN ISO 17025)
• Institut für Rechtsmedizin (nach DIN EN ISO 17025)
• Insitut für Transfusionsmedizin (nach DIN EN ISO 15189)

• Orthopädische Klinik und Poliklinik mit Endoprothetikzentrum nach der EndoCert-Initiative der Deutschen Gesellschaft für Orthopädie und Orthopädische Chirurgie (DGOOC)
• überregionale Stroke Unit der Klinik und Poliklinik für Neurologie nach der Deutschen Schlaganfall-Gesellschaft und der Stiftung Deutsche Schlaganfall-Hilfe
• überregionales TraumaNetzwerk nach der Deutschen Gesellschaft für Unfallchirurgie
• qualifiziertes Ausbildungszentrum nach der Deutschen Gesellschaft für Ultraschall in der Medizin (DeGUM)
• anerkanntes Ausbildungszentrum für Interventionelle Radiologie und Neuroradiologie der Module A-E nach der Deutschen Röntgengesellschaft (DRG) und der Deutschen Gesellschaft für Interventionelle Radiologie und minimal-invasive Therapie (DeGIR)
• Cochlea-Implantat-versorgende Einrichtung an der Klinik und Poliklinik für Hals-Nasen-Ohrenheilkunde, Kopf- und Halschirurgie nach der Deutschen Gesellschaft für Hals-Nasen-Ohren-Heilkunde, Kopf- und Hals-Chirurgie e.V.
• Wirbelsäulen Spezialzentrum nach der Deutschen Wirbelsäulengesellschaft
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