In den vergangenen Jahren wurden folgende Einrichtungen erfolgreich nach DIN EN ISO 9001:2015 zertifiziert.

• Orthopädische Klinik und Poliklinik mit Endoprothetikzentrum (zusätzlich nach der EndoCert-Initiative der Deutschen Gesellschaft für Orthopädie und Orthopädische Chirurgie (DGOOC))
• Institut für Diagnostische und Interventionelle Radiologie
• Klinik und Poliklinik für Strahlentherapie
• Klinik und Poliklinik für Hals-Nasen-Ohrenheilkunde, Kopf- und Halschirurgie "Otto Körner“
• Klinik und Poliklinik für Mund-, Kiefer- und plastische Gesichtschirurgie
• Klinik und Poliklinik für Nuklearmedizin
• Onkologisches Zentrum mit
  • Kopf-Hals-Tumorzentrum, Darmkrebszentrum, Pankreaskarzinomzentrum (zusätzlich nach der Deutschen Krebsgesellschaft)
  • Prostatakarzinomzentrum, Hautkrebszentrum (nur nach der Deutschen Krebsgesellschaft)
• Klinik und Poliklinik für Anästhesiologie und Intensivtherapie
• Zentral-OP im Perioperativen Zentrum
• Rudolf-Zenker-Institut für Experimentelle Chirurgie

Darüber hinaus sind folgende Institute nach DIN EN ISO 15189 und DIN EN ISO 17025 akkrediert.

• Institut für Klinische Chemie und Laboratoriumsmedizin
• Institut für Medizinische Mikrobiologie, Virologie und Hygiene
• Institut für Rechtsmedizin (nur nach DIN EN ISO 17025)

• regionale Stroke Unit der Klinik und Poliklinik für Neurologie nach der Deutschen Schlaganfall-Gesellschaft und der Stiftung Deutsche Schlaganfall-Hilfe
• HLA-Labor des Instituts für Transfusionsmedizin nach der European Federation of Immunogenetics (EFI)
• Kompetenzzentrum für chirurgische Erkrankungen des Pankreas nach der Deutschen Gesellschaft für Allgemeine und Viszeralchirurgie
• PET/CT-Zentrum der Klinik und Poliklinik für Nuklearmedizin nach der European Association of Nuclear Medicine (EANM)
• Schlaflabor nach der Deutschen Gesellschaft für Schlafforschung und Schlafmedizin
• überregionales TraumaNetzwerk nach der Deutschen Gesellschaft für Unfallchirurgie